Vor 19 000 Jahren begannen die Gletscher der Würmeiszeit, die bis Kirchseeon und Haag reichten, zu tauen. Das Eis zog sich am Gletscherrand zurück und schob mit den auseinanderbrechenden Eiskanten den heutigen Eggelburger See bei Ebersberg frei. Ein erneuter Eisvorstoß bis Ebersberg schob einen Geröll-Wall nach Norden, die nördliche Begrenzung des heutigen Ebrachtals. Das Schmelzwasser suchte sich seinen Weg wie heute über den Ebersberger Klostersee nach Langwied und weiter östlich ins Ebrachtal. Da die Gletscher den Flußlauf im Süden noch begrenzten, floss die Ebrach anfangs Richtung Norden und mündete kurz vor dem heutigen Gars in den Inn.
Als am Ende der Eiszeit die Gletscher tauten, wurde der Flusslauf durch das allmähliche Abschmelzen des Leitzachgletschers und dessen immensen Massen an Wasser und Geröll noch verstärkt. Diese ergossen sich am heutigen Grafing vorbei südlich vom heutigen Ebersberg in das Ebrachtal und zogen eine tiefe Ablaufrinne des Gletscherwassers nach Norden (Leitzach-Gars-Talzug) in die Landschaft.
Auch der Inngletscher zog sich aus der Gegend um Haag zurück und hinterließ unter den schmelzenden Eismassen eine tiefer abgesenkte Landschaft, das Rosenheimer Becken. Durch dieses tiefer gelegene Becken änderten die Ebrach und viele andere kleinen Flüsse nach dem Abschmelzen der Eismassen ihre Richtung und fließen jetzt nach Süden.
Seit dem 18. Jahrhundert wurde die Ebrach immer wieder nachweisbar begradigt. Die dadurch häufiger aufgetretenen Überschwemmungen wurden durch Stauung im Klostersee und zuletzt durch die Kläranlage in Ebersberg bis heute wieder reduziert, sodass sie nur noch bei starken Regenfällen über die Ufer tritt.
Auch bei Ebrach trat die Ebrach immer wieder über ihre Ufer. Die letzte große Überschwemmung, bei der das Wasser bis an einige Ebracher Häuser herantrat, war 1991. Der eigentliche Bachlauf führte durch den Ort hindurch. Wegen der Sägemühle wurde der nördlicher liegende "Fehlbach" zur Wasserstandsregulierung angelegt. Beide Bäche werden östlich von Ebrach wieder zusammengeführt. 1975 und 1981 wurde der Bachlauf im Ort verrohrt, sodass der Fehlbach zum heutigen Hauptbachlauf wurde.
Während der letzten Eiszeit lebten in den erträglichen Gegenden um Südfrankreich und in den Pyrenäen, im heutigen Baskenland, Jäger und Sammler. Am Ende der letzten Eiszeit vor 10 000 Jahren besiedelten diese Menschen von Südfrankreich aus Europa erneut und breiteten sich Richtung Norden aus. Ihre gemeinsame eiszeitliche oder alteuropäische Sprache, die Professor Theo Vennemann als "vaskonisch" bezeichnet, brachten sie mit. Viele Pflanzen, Tiere, Orte, Seen und Flüsse in Europa stammen aus dem Vaskonischen - auch "Ebrach".
Herkunft: Das Wort "Ibara" bedeutet im Baskischen Tal oder Flussmündung, eine Variante von "Ibai", dem Fluss. Aus "Ibara" wurde "Ebara", später "Eparaha" und "Eberach". Die alten vaskonischen Namen blieben auch viele Generationen später grundsätzlich bestehen, obwohl die Bedeutungen nicht mehr verstanden wurden.
Die neuen Generationen entwickelten tausende Jahre später die alten Begriffe weiter um ihnen eine in ihrer Sprache sinnvolle Bedeutung zu geben. So wurde irgendwann aus Ebar der Eber. Das Süddeutsche "Ache" wurde einfach an Eber angehängt, da wir ja an einem Fluss leben. Es entstand die für uns noch nachvollziehbare "Eberache", der Fluss, an dem die Eber hausen. Da "Ache" vom lateinischen "aqua", Wasser, abstammt und ein altes Wort für "Bach, Fluss" ist, bedeutet Ebrach heute eigentlich Flussfluss, einmal mit vaskonischem und einmal mit lateinischem Ursprung.